O Programa de Pós-Graduação em Matemática da UFAM, iniciado em 1998, oferece os cursos de Mestrado e Doutorado em Matemática, sendo o mestrado nas subáreas de Geometria Diferencial, Estatística, Álgebra, Otimização e Computação Gráfica; e o doutorado nas áreas de Geometria (UFAM) e Análise (UFPA). Atualmente o Programa tem como coordenador, o Professor Dr. Renato Tribuzy. O Curso de Mestrado em Matemática foi reconhecido MEC/CAPES através da Portaria 2530-2002 e o Curso de Doutorado aprovado pela CAPES em 2009. No Biênio 2012-2013, o Programa tem a seguinte composição de membros: <Coordenação e Colegiado>.

Precedendo a Pós-Graduação Stricto Sensu, o Departamento de Matemática acumulou nos últimos anos uma grande experiência em ensino de pós-graduação Lato-Sensu, ministrando cursos de Nivelamento e de Especialização em Matemática. O Departamento de Matemática também desenvolve um forte programa de Iniciação Científica tanto através do PIBIC quanto do Programa de Educação Tutorial ( PET). Desse modo há diversos instrumentos de preparação para ingresso no Programa de Mestrado.